Chính phủ Thái Lan đã tách 3 tambon của Thoeng để lập tiểu huyện (King Amphoe) Khun Ta ngày 1 tháng 4 năm 1992.[1] Đơn vị này đã được nâng thành huyện ngày 5 tháng 12 năm 1996.[2]

Tên gọi Khun Tan xuất phát từ sông Khun Tan tạo thành xương sống ở Tambon Pa Tan. Đây cũng là tên của That Pa Tan, một đền thó quan trọng ở đây.